「同一の本店住所で、同一の商号」でなければ登記可能、ですので
全く同じ場所に本店を持つ、全く同じ会社名がなければよいので
登記自体は調査しなくてもできるでしょう。

ただし、不正競争防止法などの法律を根拠に、
差止め請求や損害賠償請求を受けることがあります。
他と類似した商号をつけてしまうと、
たとえ悪意がなくても、相手に問題にされる場合があるわけです。

とりあえず、以下の点をチェック、調査しましょう。

• 社会的認知度の高い「会社名」「ブランド名」「店名」などに似ていないか？

• 近隣に、同業種で、
  「同一の」または「似た」名前の「会社」「店名」などはないか？

調査方法

管轄の法務局で調べる

一番正確な方法です。
ただし、窓口に行かなければならず、管轄内のものだけの調査となります。

⇒管轄の法務局

ネットで「登記情報提供サービス」で調べる

パソコンからできるのが良いところですが、
登録手続きが少し煩雑です。（有料です）

登記情報提供サービス

電話帳で調べる

地域内の同業者などの会社名をかんたんに調べられます。

ネット検索で調べる

Yahoo!やGoogle検索で、つけようとしている商号を検索し、
さらにカタカナ表記や地名をつけた表記など、いろいろ検索してみます。

登記情報提供サービス

ネットで特許庁の「特許電子図書館」で商標を調べる。

商標登録されている場合、
同一分野であると、商号が使えない場合がありますので念のため調査しましょう。

⇒「特許電子図書館」（IPDL）